2026/2027
Сравнительная геномика
Статус:
Маго-лего
Кто читает:
Институт аграрных исследований
Где читается:
Научные подразделения
Когда читается:
2 модуль
Охват аудитории:
для всех кампусов НИУ ВШЭ
Преподаватели:
Коновалов Дмитрий Львович
Язык:
русский
Кредиты:
3
Контактные часы:
28
Программа дисциплины
Аннотация
В курсе даются основы сравнительного-геномного анализа и эволюции геномов. Будут рассмотрены основные понятия молекулярной эволюции применительно к геномам (ортологи и паралоги, горизонтальный перенос, филетические паттерны, перестройки геномов). Курс включает как алгоритмические проблемы, возникающие при анализе эволюции геномов, так и биологические подходы и практические задачи, возникающие при аннотации геномов.
Цель освоения дисциплины
- Формирование у студентов представления о эволюции геномов, связи ее с эволюционной историей отдельных генов, а также практических навыков аннотации геномов с использованием сравнительно-геномных методов.
Планируемые результаты обучения
- Знать основные алгоритмы и программы анализа эволюции геномов;
- Знать современные проблемы в области эволюции геномов; постановки задач, в том числе, нерешенных
- Знать фундаментальные понятия, законы, модели эволюции геномов
- Иметь навыки оценки качества аннотации;
- Иметь навыки поиска гомологов;
- Иметь навыки построения филогенетических деревьев;
- Иметь навыки реконструкции хромосомных перестроек.
- Уметь использовать адекватные современные программные средства анализа геномов;
- Уметь проводить автоматическую аннотацию геномов
- Уметь проводить функциональную аннотацию и анализ регуляции бактериальных генов с использованием сравнительно-геномных методов
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Baxevanis, A. D., & Ouellette, B. F. F. (2001). Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Vol. 2nd ed). New York: Wiley-Interscience. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=82014
- Mushegian, A. R. (2007). Foundations of Comparative Genomics. Amsterdam: Academic Press. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=199143
- Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics (Vol. Third edition). Chichester, West Sussex, UK: Wiley-Blackwell. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1055003
Рекомендуемая дополнительная литература
- Galperin, M. Y., & Koonin, E. V. (2000). Who’s your neighbor? New computational approaches for functional genomics. Nature Biotechnology, 18(6), 609. https://doi.org/10.1038/76443
- Orengo, C., Jones, D., & Thornton, J. M. (2003). Bioinformatics : Genes, Proteins and Computers. Oxford: Taylor & Francis. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=102529