Методы глубинного обучения для предсказания Z-ДНК на основе омиксных данныхDeep learning methods for Z-DNA prediction based on omics data
Соискатель:
Руководитель:
Члены комитета:
Щур Владимир Львович (НИУ ВШЭ, д.ф.-м.н., PhD, председатель комитета), Кертес-Фаркаш Аттила (НИУ ВШЭ, д.комп.н., член комитета), Кулаковский Иван Владимирович (Институт белка РАН, д.биол.н., член комитета), Миронов Андрей Александрович (МГУ имени М.В. Ломоносова, д.биол.н., член комитета), Раменский Василий Евгеньевич (Национальный медицинский исследовательский центр терапии и профилактической медицины Минздрава России, к.ф.-м.н., член комитета)
Диссертация принята к предварительному рассмотрению:
5/29/2025
Диссертация принята к защите:
6/26/2025
Дисс. совет:
Совет по компьютерным наукам
Дата защиты:
4/24/2026
Диссертация посвящена разработке модели глубокого обучения DeepZ для предсказания функциональных регионов Z-ДНК на уровне полного генома. Используя информацию о последовательности и структуре ДНК и омиксных данных, модель обеспечивает высокую точность ибиологическую интерпретируемость. В работе предложены методы эффективной предобработки и хранения омиксных данных и реализован метод анализа расширенного пространства признаков для определения биологически значимых функциональных классов Z-ДНК. Разработанный подход валидирован на геномах человека и мыши. Полученные результаты демонстрируют потенциалприменения методов машинного обучения для решения фундаментальных задач функциональной геномики и биоинформатики.
Диссертация [*.pdf, 15.51 Мб] (дата размещения 2/12/2026)
Резюме [*.pdf, 6.21 Мб] (дата размещения 2/12/2026)
Summary [*.pdf, 6.19 Мб] (дата размещения 2/12/2026)
Публикации, в которых излагаются основные результаты диссертации
Beknazarov N., Jin S., Poptsova M. Deep learning approach for predicting functional Z-DNA regions using omics data (смотреть на сайте журнала)
Zhang T., Yin C., Fedorov A., Qiao L., Bao H., Beknazarov N., Wang S., Gautam A., Williams R.M., Crawford J.C., Peri S., Studitsky V., Beg A.A., Thomas P.G., Walkley C., Xu Y., Poptsova M., Herbert A., Balachandran S. ADAR1 masks the cancer immunotherapeutic promise of ZBP1-driven necroptosis (смотреть на сайте журнала)
Umerenkov D., Herbert A., Konovalov D., Danilova A., Beknazarov N., Kokh V., Fedorov A., Poptsova M. Z-flipon variants reveal the many roles of Z-DNA and Z-RNA in health and disease (смотреть на сайте журнала)
Beknazarov N., Konovalov D., Herbert A., Poptsova M. Z-DNA formation in promoters conserved between human and mouse are associated with increased transcription reinitiation rates (смотреть на сайте журнала)
Отзывы
Отзыв научного руководителя
- Попцова Мария Сергеевна (дата размещения 5/30/2025)
Отзыв члена Комитета
- Раменский Василий Евгеньевич (дата размещения 4/13/2026)
- Щур Владимир Львович (дата размещения 4/13/2026)
- Кертес-Фаркаш Аттила (дата размещения 4/13/2026)
- Кулаковский Иван Владимирович (дата размещения 4/13/2026)
- Миронов Андрей Александрович (дата размещения 4/13/2026)
Сведения о результатах защиты:
Комитет по диссертации рекомендовал присудить ученую степень кандидата наук (протокол № 2 от 24.04.2026). Решением диссертационного совета (протокол № 2 от 30.04.2026) присуждена ученая степень кандидата компьютерных наук.
См. на ту же тему
Методы машинного обучения в задачах популяционной геномикиКандидатская диссертация
Соискатель: Хомутов Евгений Васильевич
Руководитель: Щур Владимир Львович
Глубинное обучение на табличных данныхКандидатская диссертация
Соискатель: Рубачёв Иван Викторович
Руководитель: Бабенко Артем Валерьевич
Методы и алгоритмы ускорения проектирования цифровых схем с использованием машинного обученияКандидатская диссертация
Соискатель: Зунин Владимир Викторович
Руководитель: Романов Александр Юрьевич
Дата защиты: 9/17/2026